色谱柱利用色谱柱先将混合物分离，然后利用检测器依次检测已分离出来的组分。色谱柱的直径为数毫米，其中填充有固体吸附剂或液体溶剂，所填充的吸附剂或溶剂称为固定相。与固定相相对应的还有一个流动相。流动相是一种与样品和固定相都不发生反应的气体，一般为氮或氢气。待分析的样品在色谱柱顶端注入流动相，流动相带着样品进入色谱柱，故流动相又称为载气。载气在分析过程中是连续地以一定流速流过色谱柱的；而样品则只是一次一次地注入，每注入一次得到一次分析结果。
在实验过程中经常遇到的情况：
(1) 新的色谱柱，直接上分析条件来分析样品，发现分离情况不稳定。
(2) 新的色谱柱，使用中发现压力突然升高。
(3) 新的色谱柱，发现分离度、保留时间发生了变化。
(4) 色谱柱使用不频繁，一开始分析样品效果比较好，但是，在使用过程中发现柱效下降快、峰形异常的情况。
(5) 色谱峰形异常，基线不稳。
当发生以上情况，请仔细检查，是否有某个操作疏忽了？
1）测试柱性能
通常情况下，我们建议用户在拿到色谱柱后，件事情就是在一台性能完好的仪器系统上，按照厂家说明书对色谱柱进行柱效测试。其实，对于一个合格的色谱分析工作者来说，拿到一根新色谱柱，要开始一个课题之前，都会这样做，目的有二：1、了解色谱柱之前的情况并判断色谱柱是否正常。2、将检测结果小心保存， 当实验过程中发现异常时，在检测柱效进行对比，来进一步排查原因。
2）当反相使用高浓度缓冲盐时，注意过渡
在使用高浓度的盐或缓冲液作洗脱剂时，一定要注意应先用10％左右的低浓度的有机相洗脱剂过渡一下，否则缓冲液中的盐在高浓度的有机相中很容易析出，造成系统堵塞。另外，在发现系统压力升高异常时，要仔细检查，段段排除包括保护柱、混合器、管路或者流通池等。
3）当更换色谱柱时，原来的实验情况发生变化
首先，如果之前开发方法时色谱柱已经做过别的样品，那么之前的样品或使用的流动相对这个样品分析可能有干扰，只能重新找条件。建议：开发方法时使用新的色谱柱。（其次，如果是更换了品牌发生这样的情况，可能是由于不同品牌的键合技术不同，造成了选择性的细微差异 ，需要调整条件，并再次确定出峰顺序（有些样品的洗脱顺序会改变）。再次，如果是更换了同品牌型号的新的色谱柱发生这种情况，请检查之前分离时目标与杂质的分离度是否符合要求（Rs大于1.5），如果一开始只是勉强分开（Rs小于1.5），那只能说明方法没有优化好，需要再次进行优化。
4）样品及前处理
样品要尽可能清洁，可选用样品过滤器或样品预处理柱（SPE）对样品进行预处理；若样品不便处理，要使用保护柱。流动相中所使用的各种有机溶剂要使用色谱纯，配流动相的水是超纯水或双蒸水。如果将所配得流动相再经过0.45μm的滤膜过滤一次则更好，尤其是含盐的流动相。另外，装流动相的容器和色谱系统中的在线过滤器等装置应该定期清洗或更换。
5）色谱柱基线问题
通常情况，基线问题是由于系统或者流动相引起的，和色谱柱关系不大。
可能导致的原因：
（1）泵头进气泡
（2）系统污染
（3）流通池漏液
（4）流动相使用的某成分易挥发不稳定（检测波长不合适）
（5）检测波长低，水的质量不好等等
（6）色谱柱冲洗保养
当使用了缓冲液或含盐的流动相，实验完成后应用10%的甲醇水溶液冲洗30分钟，洗掉色谱柱中的盐，再用甲醇冲洗30分钟。注意：不能用纯水冲洗柱子，应该在水中加入至少10%的甲醇，防止将填料冲塌陷。还有就是不能在这个工作上面打折扣，否则，一些保留强的杂质没有洗脱下来，只能是给后面的工作带来更大的麻烦。如色谱柱要长时间保存，可以储存于纯甲醇或乙腈中，并将购买新色谱柱时附送的堵头堵上。储存的温度是室温。
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