真菌是主要的植物病原微生物。由子囊菌中的菌引起的大麦、苹果和葡萄的病。由半知菌引起的植物病害有棉花炭疽病、立枯病和黄萎病，许多真菌都可以引起植物病害。如由藻状菌中的致病疫霉（Phytophthorainfestan引起的马铃薯晚疫病。由担子菌中的锈菌引起的许多禾谷类作物的锈病及黑粉菌引起的小麦腥黑穗病、散黑穗病和玉米黑粉病等已成为世界性的严重作物病害。水稻的稻瘟病和纹枯病等。几乎在大多数作物上，果蔬上和花卉上都能发现真菌引致的病害。许多真菌的无性孢子和有性孢子均能在植物上寄生。而无性孢子的大量繁殖和生长是病害蔓延和流行的主要原因，有性孢子的形成和它种子及残枝落叶中休眠或越冬是翌年发病的主要原因。许多病原真菌的复杂的生活史中，一个阶段在寄主植物，另一阶段则在土壤或植物残留物中完成。病原真菌的侵染与温度和湿度有密切的关系。温暖湿润的气候和土壤条件尤其有利于病原真菌的侵染和植物病害的蔓延，土壤pH值也对真菌的侵染和致病性有一定的影响。
能侵染植物并引起病害的细菌主要来自假单胞菌属、黄单胞菌属、土壤杆菌属、棒状杆菌属、欧文氏菌属和枝原体属等。病原细菌多由植物的自然孔口或伤口侵入。常引起植物发生斑点、白叶、顶死、萎蔫、软腐和过度生长等病症。多能存活于植物组织或种子中。次年春天借昆虫和降雨再次传达。引起水稻白叶枯病的水稻黄单胞菌（Xanthomoasoryza除能在水稻秸杆上越冬外还能寄潜在种子颖壳、胚或胚乳表面，寄生于植物组织或导管中。或进入土壤中营腐生生活。例如引起果树火疫病的解淀粉欧文氏菌（Erwiniaamylovora就在树干或树枝的组织中越冬。能在干燥条件下存活半年以上，因而还能随种子传播。引起蚕豆萎蔫病的栖菜豆假单胞菌（Xanthomonas.
寄生时能使许多双子叶植物(如番茄、糖用甜菜和许多果树等)根或茎部形成肿瘤malvacearum能潜伏在蚕豆珠孔中随种子传播。引起棉花角斑病的锦葵黄单胞菌(Xanthomonasmalvacearum则寄存在子叶外缘而随种子扩散。根癌土壤杆菌（Agrobzcteriumrumefacien可作为能在土壤中兼性腐生的代表。
已知能引起植物病害的病毒有300余种。迄今仍是农业生产中的重大难题之一。烟草花叶病毒是最早被发现的病毒。植物病毒的侵入必需要有活细胞上的微伤才干进入细胞质，马铃薯迟化病早在18世纪末即在欧洲发现。流行时常可使产区烤烟减产25％。与动物病毒和噬菌体不同。然后可以经薄膜细胞和胞间连丝弥散或进入输导组织快速转移。病毒在植物体内的分布有局部性和全面性两种，进入寄主细胞的病毒在复制自身的同时，干扰和破坏了寄主细胞的正常生理代谢活动，从而发生植物受害的症状。
由微生物引起的植物病害具有重要的生态学及重大的经济意义。能寄生于植物的病毒、细菌、真菌和原生动物都属于植物病原微生物。轻微条件下它只引起植物生长的失调并降低其在生态环境中的生活和竞争能力；严重时则会导致植物死亡、大幅度减产和饥荒。病原微生物与植物的相互关系有一定的专一性。不同病原菌的寄主范围宽窄不同。另一些病原菌的专一性较低。没有适合的寄主时，有些病原菌只危害一种或少数几种植物。常能寄生于多种不同的植物。有些病原菌除了寄生以外。还能营腐生生活，属于兼性寄生的类群。植物体内大量发展的病原菌通过各种途径干扰植物的正常功能并引起病害的典型症状。例如，植物叶组织坏死造成叶斑；果胶酶和纤维素酶可使植物组织和细胞解体造成溃疡和腐烂；气孔或输导组织被病菌侵染后可导致萎蔫和枯萎；叶绿素合成代谢的破坏则造成植株缺绿；病原菌产生的吲哚乙酸等生长素类物质可使局部组织细胞过度增生而产生畸形、树瘿等特殊形态。植物一旦受到病原微生物的危害之后经常会给某些条件致病菌造成侵染的机会，两类微生物的双重侵染又进一步加重了对植物的损害。植物病害对农业、林业及畜牧业的发展造成了重大的威胁，严重时甚至会影响到一种作物在某一特定地区种植的可能性，病害高发区种植的作物产量极低甚至会颗粒无收。
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