你不得不知的RNA磷酸酶/外切酶/激酶知识

RNA核酸外切酶
Terminator 5'-Phosphate-Dependent Exonuclease
Terminator Exonuclease是一种5’→ 3’进行性核酸外切酶，可降解带有5’单磷酸的RNA。它不会降解具有5’三磷酸、5’-帽结构(例如大多数真核mRNA带有的5’-帽结构)或5’OH的RNA。它也消化带有5’单磷酸的DNA。该酶不受蛋白形式的RNase抑制剂的抑制。
应用：
● 鉴定RNA转录本的5’末端；
● 富集mRNA样品，无需使用oligo(dT)、树脂或磁珠去除rRNA；

RNA磷酸化酶
RNA 5’ Polyphosphatase
RNA 5’ Polyphosphatase是Epicentre科学家发现的一个Mg2+依赖的磷酸水解酶。该酶能够从5’-三磷酸化的RNA (如初级RNA转录本) 依次地移除γ和β磷酸基：
5’ pppN—OH 3’ → 5’ pN—OH 3’ + 2 Pi
带有5’-双磷酸化末端的RNAs也可以通过RNA 5’ Polyphosphatase转化成5’-单磷酸酶化的RNA：
5’ ppN—OH 3’ → 5’ pN—OH 3’ + Pi
RNA 5’ Polyphosphatase对含有5’帽子(例如, 5’ m7GpppN—OH 3’)或5’单磷酸化末端(5’ pN—OH 3’)的RNA没有活性。但是NTPs和dNTPs都是该酶的底物，产生相应的NMPs和dNMPs + 无机磷:
(d)NTP → (d)NMP + 2Pi
应用：
● 将5’三磷酸化的RNA转换成5’单磷酸化的RNA，用于使用T4 RNA Ligase的5’-RNA连接标记反应；
● 分析RNA的5’末端结构；
● 用于制备RNA底物，后续可用于Terminator 5’-Phosphate-Dependent Exonuclease的降解反应。

RNA聚合酶
T7 RNA Polymerase
T7 RNA聚合酶是一种高度特异性识别T7启动子序列的DNA依赖的5’→3’RNA聚合酶，可以催化单链或双链DNA T7启动子下游NTP的掺入，合成与T7启动子下游的模板DNA互补的RNA。
应用：RNA体外转录，合成mRNA。

RNA连接酶
T4 RNA Ligase
T4 RNA连接酶，是一种ATP-依赖的可以催化单链RNA、单链DNA或单核苷酸分子间或分子内5’-P末端与3’-OH末端之间形成磷酸二酯键的酶。
应用：RNA和RNA之间的连接，连接时需要5’磷酸基团和3’羟基的存在。不仅可以进行RNA分子间的连接，也可以进行RNA分子(最短8个碱基)的环化连接。

RNA相关激酶
T4 Polynucleotide kinase
T4多聚核苷酸激酶（T4 PNK酶）可催化ATP分子上γ位磷酸基团向单链、双链RNA分子和DNA分子的5’-羟基末端上转移以及向3’-单磷酸核苷上转移。T 多聚核苷酸激酶还具有 3’磷酸酶活性。
应用：
● 在NGS应用中，主要用于文库构建过程中末端修饰中的5’磷酸化修饰；
● DNA及RNA 5’末端的标记，用于DNA测序、印迹杂交实验等。